Частная академия Вальдштейна специализируется на обучении студентов оккультным наукам. Учебное заведение расположено в Японии, на вершине горы Всех Богов. Академия имеет неоднозначную репутацию из-за частых неприятных происшествий. Местные жители стараются избегать этого места. Сюжет начинается с известия о смерти основателя и директора академии Кумасиро-сэнсэя. Его дочь Майя отправляется в академию, чтобы проводить отца в последний путь. В детстве Майя испытывала сильную привязанность к отцу.
Сюжет разворачивается в феодальной Японии, где традиции и культура самураев переплетаются с повседневной жизнью. В этот устоявшийся порядок вторгаются инопланетные существа, что приводит к кардинальным изменениям в обществе. Пришельцы внедряют новые технологии и системы, включая здравоохранение, что постепенно вытесняет старые обычаи. Одним из последствий становится запрет на ношение мечей, что подрывает уклад самураев и их кодекс чести. Главный герой, Гинтоки Саката, является одним из