Джун Цзысин приходит в сознание в мире информации, где находится только его дух. Он получает новое имя, одежду и чувства, но страдает амнезией. Герой не знает, кем стал, и помнит лишь один звук, который напоминает ему о необходимости восстановить память. В его сознании периодически возникают отрывочные картинки из мира людей — его настоящего мира. Цзысин стремится найти связь между виртуальным пространством и своим разумом. В поисках себя герой встречает Чунь Ин, которая становится его ученицей

После завершения войны между Японией и Британской империей, прекращенной самопожертвованием Лелуша, была сформирована Объединенная Федерация Наций. Эта организация установила единые правила для всех государств, что привело к временному миру и стабильности. Спустя некоторое время Наннали и Сузаку подвергаются нападению неизвестного человека и оказываются в заложниках. Одновременно Саёко, Каллен и Ллойд выполняют секретное задание по приказу Шнейзеля, которое требует проникновения в королевство