Второй сезон аниме продолжает историю клуба игры на инструменте кото. Президентом клуба остается Курата. Главный герой не планировал становиться руководителем школьного сообщества, но был вынужден занять эту должность. Причиной послужила угроза закрытия клуба. Чтобы его спасти, Курата начал искать новых участников для возрождения сообщества. В ходе поисков он знакомится с грубоватым старшеклассником по имени Тика, который подает заявку на вступление в клуб. Поступок Тики привлекает внимание

В ближайшем будущем человечество сталкивается с неопределенностью. После события, названного Скайфол, орбитальная космическая колония разрушается и падает на поверхность планеты. На месте крушения образуется крупный кратер. Внутри него появляются существа, называемые кайдзю, возникшие в результате генных мутаций. Природа катастрофы остается невыясненной. Мутанты представляют угрозу для людей. Аватар по имени Рэй решает посетить место крушения. Его цель - сбор оставшихся семян. О катастрофе ему

Нариюки Юига учится в старшей школе. Он происходит из бедной семьи и полагает, что хорошая успеваемость позволит ему в будущем улучшить материальное положение родителей. У Нариюки нет выдающихся способностей, но он компенсирует это усердием. В школе он считается лучшим учеником и старается поддерживать эту репутацию. В одном классе с Нариюки учится Урука. Она регулярно списывает у него домашние задания и подшучивает над ним. Урука уделяет мало времени учёбе, так как является участницей

Конфликт между Альянсом Свободных городов и Галактической империей перешел в открытую фазу. Альянс предпринял атаку на столицу Империи, но из-за ошибок командования едва не потерял всю армию. Вице-адмирал Вэньли Ян смог спасти флот, пожертвовав значительным числом солдат. Адмирал Рейнхард, командующий имперскими силами, выразил недовольство тем, что не удалось уничтожить противника полностью, что могло бы завершить войну. Во втором сезоне оба командира продолжают стратегическое противостояние.