Кэйити Маэбара переводится в школу деревни Хинамидзава в 1983 году. Он знакомится с несколькими ученицами: своей ровесницей Рэной Рюгу, старостой класса Мион Сонодзаки, её сестрой-близняшкой Сион, а также младшими школьницами Рикой Фурудэ и Сатоко Ходзё. Вскоре Кэйити узнаёт о ежегодном фестивале «Ватанагаси», который проводится в поселении в честь местного божества Оясиро-сама. Подруги рассказывают Кэйити, что в день фестиваля в деревне регулярно происходят исчезновения людей и убийства.

Действие разворачивается в будущем, где человечество осваивает космос. После войны с гигантской расой Зентради люди сосуществуют с другими инопланетными видами. Главный герой Алто Сайянаги стремится стать пилотом и летать в космосе. Его жизнь меняется, когда знаменитая певица Шерил Ном прибывает на его родную колонию Макросс Фронтир для концерта. Вскоре после этого колонию атакуют неизвестные космические корабли. Алто и его друзья вступают в боевые действия для защиты поселения. В ходе сражений