Сюжет четвертого сезона аниме продолжает историю Сенку Ишигами, который первым пробудился от окаменения. В результате необъяснимого явления все люди и животные на Земле мгновенно превратились в каменные статуи, сохранив при этом способность мыслить и наблюдать за происходящим. В таком состоянии человечество провело несколько тысяч лет, наблюдая за упадком собственной цивилизации. Спустя 3700 лет окаменения пробуждается Сенку Ишигами, студент, увлеченный наукой. Вместе с ним оживает его друг

Нико Вакацуки завершила шестилетнее обучение в магической академии. После возвращения в родной город она приступает к выбору фамильяра, что является обязательным этапом для становления полноценной ведьмой. В отличие от сверстников, которые обычно выбирают традиционных животных - кошек, сов или лис, Нико принимает нестандартное решение. Она предлагает стать своим фамильяром Морихито, другу детства. Морихито оказывается гигантским существом, что создает практические трудности для обеих сторон.