Сюжет разворачивается в Японии, где привычный уклад жизни нарушается внезапным событием. Один из крупных городов теряет половину своего населения — люди бесследно исчезают, не оставляя следов. В центре повествования находится Такуя, молодой курьер, выполняющий условия договора с компанией. Первоначально он не связан с происходящим, но ситуация меняется после встречи с девушкой по имени Юки, единственной, кто вернулся после опустошения города. Юки утверждает, что массовые пропажи людей связаны с

Сёстры Фу и Руи ранее проводили много времени вместе, но со временем их отношения ослабли из-за различий в интересах и повседневных занятиях. Фу обнаруживает неизвестный космический корабль, появившийся вблизи населённого пункта, и вступает с ним в контакт, после чего получает магическую силу. Почти одновременно Руи также приобретает аналогичные способности, однако источником её силы оказывается другой объект, не связанный с находкой сестры. Обе девушки получают возможность трансформироваться

Кирито вновь оказывается в виртуальном мире онлайн-игры после определённых событий. Он приходит в себя в лесу, где встречает мальчика, который утверждает, что знаком с ним. Это заявление шокирует главного героя. Кирито замечает, что мальчик не похож на обычного NPC — он выражает искренние человеческие эмоции. Решив довериться незнакомцу, Кирито узнаёт причины своего появления в этом мире и получает указания о дальнейших действиях в сложившейся ситуации. Мальчик по имени Юджио помогает Кирито