Кость Маджина

Сюжет аниме охватывает более десяти лет жизни главного героя Такаки Тоно, начиная с 1990-х годов. Повествование разделено на три части, каждая из которых описывает разные периоды его жизни и связанные с ними любовные истории. Первая часть, "Отрывок о цветущей сакуре", начинается в 1994 году. Такаки заканчивает начальные классы школы и испытывает первые романтические чувства к девочке по имени Акари. Из-за переезда её семьи они вынуждены расстаться. Герои продолжают общаться через письма и иногда встречаются по выходным, но семья Акари часто меняет место жительства.

Через год Такаки решает признаться Акари в своих чувствах в письме. Во время встречи происходит их первый поцелуй, однако письмо теряется. После этого герои расстаются навсегда. Вторая часть, "Космонавт", посвящена периоду обучения Такаки в средней школе на другом острове. В него влюбляется девочка по имени Канаэ Сумида. Она не решается признаться в своих чувствах и в течение нескольких лет испытывает неразделённую любовь. Только в выпускном классе Канаэ набирается смелости и говорит Такаки о своей любви.

Третья часть, "5 сантиметров в секунду", происходит, когда Такаки уже работает. Он состоит в долгих отношениях с девушкой, но пара вынуждена расстаться. После этого Такаки бросает работу и теряет смысл жизни. Однажды, бродя по окраинам города, он случайно встречает свою первую любовь — Акари.