Рождение Китаро: Тайна Щелкунчика

Такато встречает дигимона по имени Гилмон, после чего между ними устанавливается партнёрство. Вскоре они отправляются на курорт в Окинаве. Это место отличается природными ландшафтами и спокойной атмосферой. Однако по прибытии Такато и Гилмон замечают, что обстановка не столь безмятежна. В компьютерах по всей Японии начинает распространяться вирус, и герои подозревают его связь с дигимонами. В этот момент появляется Минами, ещё один укротитель дигимонов, что добавляет неопределённости в происходящее.

На фоне отдыха на пляже возникают необычные события. Другие дигимоны проявляют враждебность к Гилмону, и Такато пытается понять причины этой агрессии. Он ищет ответы на вопросы о природе вируса и его возможной связи с миром дигимонов. В процессе расследования герои сталкиваются с различными препятствиями и опасностями. События постепенно складываются в сложную цепочку, затрагивающую Такато, Гилмона и других дигимонов.

Путешествие перерастает в последовательность задач, в ходе которых Такато узнаёт больше о своих способностях, окружающем мире и природе дигимонов. Он встречает новых союзников и противников, а также сталкивается с загадками, требующими разгадки. Изучение как прошлых, так и текущих событий помогает герою определить своё положение в этой системе взаимосвязей.